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Atualmente existem vacinas muito eficazes para várias doenças, mas, infelizmente, a maioria das doenças causada por protozoários ainda não tem uma vacina realmente eficiente. Em parte, isso se deve à eficácia com a qual os protozoários conseguem "enganar" o sistema imunológico do infectado (veja o exemplo da doença do sono). Por outro lado, a maioria das doenças causadas por protozoários ocorre em países do terceiro mundo, onde a população e os governos têm menos dinheiro para investir em pesquisa e na compra de vacinas e medicamentos.
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