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Para que um pesquisador possa "manipular" o DNA, ele precisa de ferramentas que o auxiliem neste processo, de forma a poder separar somente o gene, ou genes, que lhe interessem. Imagine uma ferramenta que funcione literalmente como uma tesoura, que corta o DNA em lugares específicos. Esta ferramenta existe na natureza, foi descoberta e foi chamada de enzima de restrição. A descoberta destas enzimas deu o primeiro impulso à engenharia genética. As enzimas de restrição foram encontradas na natureza em algumas bactérias. Nestas bactérias, as enzimas servem para picotar fragmentos de DNA estranhos, o que ajuda a prevenir ataques de vírus bacteriófagos. Existem vários tipos de enzimas de restrição, e cada uma delas é capaz de reconhecer uma determinada seqüência de nucleotídeos, por exemplo: ATTCG. Cada vez que esta seqüência aparece no DNA estranho, a enzima corta este DNA nessa posição. Você deve estar se perguntando como as bactérias fazem para evitar que seu próprio DNA seja cortado neste processo. Para evitar este problema, o DNA das bactérias é marcado com radicais metil (CH4), que se ligam ao longo da cadeia de DNA e não permitem a ação das enzimas.
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