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As ervilhas usadas por Mendel em seu trabalho são um exemplo de plantas capazes de autofecundação. Muitas espécies, porém não são capazes de se autofecundar, apesar de produzirem pólen e óvulos perfeitamente viáveis. Sabe-se hoje que em muitas destas plantas, o sistema responsável por evitar a autofecundação tem base na genética mendeliana. Nestas plantas existe um loco com dezenas de alelos que determinam a incompatibilidade. O sistema funciona de forma muito simples: o que acontece é que uma planta não irá permitir que um grão de pólen fertilize seus óvulos se ele transportar um alelo de incompatibilidade que ela própria já possua. Por esta razão, o pólen produzido por uma planta com este sistema não pode fecundá-la. A figura ao lado mostra um exemplo de cruzamento possível, um de cruzamento impossível e um onde o cruzamento ocorreu parcialmente.
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