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A secreção das enzimas digestivas é controlada pelo sistema nervoso central e pelos hormônios, que são substâncias específicas que estimulam ou inibem as células-alvo. As interações hormonais são complexas: O hormônio gastrina é secretado pelas células do estômago em resposta a qualquer um destes dois estímulos: peptídeos no estômago ou a dilatação das paredes estomacais logo após uma refeição. A gastrina estimula as outras células do estômago a secretar ácidos e pepsina. Estas substâncias digerem as proteínas e permitem que o estômago diminua, removendo o estímulo.
Depois, em resposta ao alimento acidificado que entra no duodeno, as células desta região secretam outro hormônio: a secretina, que leva estímulos para 3 outros órgãos: estimula a liberação de bicarbonato pelo pâncreas, neutralizando os ácidos estomacais; inibe a produção de ácido pelo próprio estômago; e causa a liberação da bile das vesículas biliares.
Enquanto isso, o peristaltismo e a secreção de ácidos no estômago são inibidos. Estes mecanismos fazem com que as enzimas digestivas do estômago e do pâncreas só sejam liberadas quando necessárias e não em qualquer momento.
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