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A maior parte dos seres vivos deve pertencer a uma espécie de microorganismo, embora grande parte destas espécies ainda não seja conhecida. Mas como os biólogos podem especular sobre o número total de espécies em cada reino, se eles mesmos sabem que ainda não conhecem a maior parte delas? Para ter uma idéia do número real de espécies num dado ambiente os biólogos recorrem a várias fontes de informação. Veja abaixo duas delas: Os microorganismos atualmente conhecidos são, na maioria, os que afetam diretamente a vida do homem, principalmente por causarem doenças. Imagine que para cada uma das espécies de plantas e animais conhecidos deve haver um número de microorganismos associados semelhante ao encontrado para a espécie humana. Se você olhar as páginas de parasitismo e das interações positivas vai ver que a maioria das associações destes dois tipos são espécie-específicas, ou seja, ocorrem apenas entre duas determinadas espécies. Assim, se já encontramos centenas de parasitas e simbiontes estudando o ser humano, imagine quantas mais encontraremos quando estudarmos a fundo as outras espécies... Quando estudamos bactérias e protozoários, é possível estimar o número de espécies diferentes em uma amostra mesmo sem conhecê-las, simplesmente contando quantas formas diferentes são vistas quando um pouco da amostra é observada ao microscópio. Sabemos também que uma mesma forma externa pode corresponder a várias espécies diferentes, principalmente no que diz respeito às bactérias. Por isso, cada vez que um biólogo vê uma nova forma ele sabe que ela corresponde a no mínimo uma espécie desconhecida.
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