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As tentativas de desenvolver uma vacina contra o T. brucei esbarram em uma interessante característica deste parasita, que também é encontrada em muitos outros protozoários. Quando o sistema imune do paciente desenvolve anticorpos contra o T. brucei e a população do parasita no sangue começa a diminuir, entra em ação um mecanismo que induz mutações nas proteínas da sua membrana plasmática. Desta forma, surgem indivíduos com novas proteínas, que não são reconhecidas pelo sistema imune do infectado, e a população do protozoário volta a crescer. O gráfico abaixo ilustra a ação fenômeno, que também ocorre com outros protozoários.
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